أولا / الإدارات العامة وما يتبعها : -

1- الإدارة العامة للشؤون الإدارية والمالية .

2-  الإدارة العامة للشئون الفنية وتتكون من

• قسم التعريفة .
• قسم الإجراءات الجمركية .
• قسم الإعفاءات الجمركية.
• قسم القيمة.
• قسم المناطق الحرة والمعارض .
• قسم البيوع  الجمركية .
• قسم المخلصين ومموني السفن و الطائرات.

3- الإدارة العامة للتخطيط  والتدريب .

4-  الإدارة العامة للمراجعة و التفتيش و يتبعها الإدارات التالية

أ‌-     إدارة المراجعة و التفتيش بطرابلس وتتبعها مكاتب المراجعة بالمراكز الجمركية التالية

• مكتب المراجعة راس أجدير .
• مكتب المراجعة ميناء زواره البحري .
• مكتب المراجعة الزاوية .
• مكتب المراجعة ميناء طرابلس البحري .
• مكتب المراجعة مطار طرابلس العالمي .
• مكتب المراجعة مطار معيتيقة .
• مكتب المراجعة وازن .
• مكتب المراجعة غدامس .
• مكتب المراجعة الخمس .

ب- إدارة المراجعة والتفتيش بنغازي وتتبعها مكاتب المراجعة بالمراكز الجمركية التالية

• مكتب المراجعة ميناء بنغازي البحري .
• مكتب المراجعة مطار بنينة .
• مكتب المراجعة ميناء البريقة .
• مكتب المراجعة ميناء درنة البحري .
• مكتب المراجعة طبرق .
• مكتب المراجعة امساعد .
• مكتب المراجعة الكفرة .

ج- إدارة المراجعة والتفتيش بالخليج وتتبعها مكاتب المراجعة بالمراكز الجمركية التالية

• مكتب المراجعة ميناء قصر أحمد البحري .
• مكتب  المراجعة ميناء رأس الأنوف .
• مكتب المراجعة مطار سبها الدولي .
• مكتب المراجعة غات .
• مكتب المراجعة القطرون .

5- الإدارة العامة لضرائب الإنتاج والاستهلاك وتتكون من

• قسم الشئون الفنية .
• قسم الإحصاء .
• قسم الشئون القانونية .
• إدارة ضرائب الإنتاج بطرابلس .
• إدارة ضرائب الإنتاج بنغازي .
• إدارة ضرائب الإنتاج بالخليج.

6- الإدارة العامة لمكافحة التهريب والمخدرات وتتكون من

• إدارة مراقبة الشواطى و السواحل البحرية .
• إدارة مراقبة الحدود  البرية .
• إدارة خدمات العبور .
• قسم التخطيط الميداني والمعلومات .
• قسم الإحصاء .
• مكتب الشئون الإدارية .
• وحدة الشئون القانونية .
• أقسام مكافحة التهريب والمخدرات بالمناطق التالية

  (طرابلس, الزاوية , زواره , نالوت , مصراته ,سبها , بنغازي , الكفرة ,البيضاء ,طبرق ,الخمس ) 

  ثانيا \ المديريات وما يتبعها

1.         مديرية جمارك طرابلس ويتبعها

• مركز جمرك ميناء طرابلس البحري .
• مركز جمرك مطار طرابلس العالمي .
• مركز جمرك امعيتيقة .
• مركز جمرك الزاوية .
• مركز جمرك الخمس .
• وحدة مقاطعة العدو الصهيوني .

2.         مديرية جمارك النقاط الخمس و يتبعها

• مركز جمرك ميناء زواره  البحري .
• مركز جمرك راس أجدير .
• مركز جمرك وازن .
• مركز جمرك غدامس .
• مكتب مقاطعة العدو الصهيوني .

3.         مدرية جمارك بنغازي  و يتبعها

• مركز ميناء بنغازي البحري .
• مركز جمرك مطار بنينة الدولي .
• مركز جمرك الكفرة .
• مركز جمرك ميناء البريقة .
• مكتب مقاطعة العدو الصهيوني .

4.         مديرية جمارك الخليج وما يتبعها

• مركز جمرك ميناء قصر أحمد البحري .
• مركز جمرك مطار سرت .
• مركز جمرك رأس الأنوف .
• مكتب مقاطعة العدو الصهيوني .

5.         مدرية جمرك البطنان ويتبعها

• مركز جمرك امساعد .
• مركز جمرك طبرق .
• مركز جمرك ميناء درنة .
• مكتب مقاطعة العدو الصهيوني .

6.         مديرية  جمارك  فزان ويتبعها

• مركز جمرك مطار سبها الدولي .
• مركز جمرك غات .
• مركز جمرك القطرون .
• مكتب مقاطعة العدو الصهيوني .